Chuyển đổi từ công quốc Geneva ở trong thế kỷ 13, sang công quốc Savoy ở thế kỷ 14, thành phố trở thành thủ phủ của vùng Savoy năm 1434. Vai trò của nó gia tăng trong năm 1536, trong quá trình Cải cách Calvin của Geneva, khi các giám mục tới tị nạn tại Annecy. Thánh Francis de Sales giao Annecy vai trò là thành trì tiên tiến của Công giáo phản Cải cách. Việc sáp nhập của Savoy làm nó trở thành một thành phố của Pháp vào năm 1860.